Análogos tricíclicos de citosina que aumentan la afinidad de oligonucleótidos y pnas

Resumen

Se ha puesto a punto la síntesis de los nucleósidos análogos de citidina Fenoxazina y Abrazadera amino de guanina y su incorporación en cadenas oligonucleotídicas. En disolución, estas cadenas son inestables frente a la luz pero pueden conservarse en estado sólido y a baja temperatura por períodos prolongados. Los dúplex de DNA formados por los oligonucleótidos que incorporan fenoxazina con una nucleo base pirimidínica en la posición 5' contigua son más estables que los naturales, mientras que en los dúplex donde la nucleobase contigua por 5' es de tipo purínico el incremento es nulo o poco significativo. Por el contrario, todos los dúplex formados por ligonucleótidos con abrazadera de G son considerablemente más estables que los naturales, observándose una fuerte dependencia secuencial en el grado de estabilización que produce la modificación introducida. En general, la estabilización es mayor cuando la nucleobase contigua en 5' es una pirimidina. No parece que las nucleobases modificadas alteren la conformación B del DNA ni que se produzcan interacciones del grupo amonio de la abrazadera con los grupos fosfato de las cadenas opuestas. Los dúplex PNA-DNA en que la cadena de PNA contiene una abrazadera de G, muestran, en los casos analizados, un comportamiento análogo al de los dúplex de DNA.