Análisis del perfil de metilación CpG del ADN genómico de una población con incongruencia de género

Resumen

La incongruencia de género en el CIE-11 (Clasificación Internacional de Enfermedades-11) se caracteriza por “una incongruencia persistente entre la experiencia individual de género y el sexo asignado al nacer”. Su origen es complejo y multifactorial. Objetivo: La primera parte de la investigación se centró en el análisis retrospectivo CpG (citosina-fosfato-guanina) del fragmento III (RIII) de la región promotora del receptor de estrógenos α, en una población de hombres y mujeres con incongruencia de género, antes vs después de seis meses de tratamiento hormonal de afirmación de género (GAHT). La segunda parte de la investigación se centró en el análisis de la metilación global CpG utilizando el BeadChip de metilación de 850k de Illumina© Infinium. Material y métodos: El análisis del perfil de metilación del RIII se realizó mediante secuenciación por bisulfito en 20 personas cis género y 20 personas trans género antes vs después del GAHT. Los ADNs se trataron con bisulfito, se amplificaron, clonaron y secuenciaron. El análisis estadístico se realizó con el programa QUMA (QUantification tool for Methylation Analysis). El análisis global de metilación se realizó en 16 personas cis género y 16 personas trans género con el BeadChip de metilación de 850K de Illumina© Infinium, después de la conversión con bisulfito. Los perfiles de metilación se analizaron con el programa Partek® Genomics Suite® mediante un ANOVA de 3 vías comparando las poblaciones según grupo, sexo y tratamiento. Finalmente se realizó un análisis de enriquecimiento con el programa Partek® Pathway y la WebGestalt. Resultados: La primera parte del estudio mostró (i) que en ambas poblaciones, cis y trans, los hombres y las mujeres presentan patrones de metilación diferentes del RIII; (ii) que antes del tratamiento GAHT, ambos grupos trans (hombres y mujeres) presentaban perfiles de metilación intermedios, no coincidentes con las poblaciones cis; (iii) que el GAHT modificó el patrón de metilación del RIII hacia perfiles más similares al género correspondiente. En cuanto al estudio de metilación global, el principal resultado es que las poblaciones cis y trans difieren en el grado de metilación antes del tratamiento GAHT. En la población masculina (según el sexo natal asignado), se encontraron 22 islas CpGs que pasaron los criterios estadísticos (FDR p <0.05; fold change o incremento del cambio ≥ ± 2). Los CpGs más significativos se relacionaron con los genes WDR45, SLC6A20, NHLH1, PLEKHA5, UBALD1, SLC37A1, ARL6IP1, GRASP y NCOA6. En cuanto a la población femenina (según el sexo natal asignado), se encontraron 2 CpGs que pasaron los criterios estadísticos, pero ninguno de ellos se ubicaba en islas. Uno de estos CpGs, el relacionado con el gen MPPED2, es compartido por hombres y mujeres trans. El análisis de enriquecimiento mostró que estos genes están involucrados en funciones importantes como la regulación negativa de la expresión génica (GO: 0010629), el desarrollo del sistema nervioso central (GO: 0007417), el desarrollo del cerebro (GO: 0007420), la unión de ribonucleótidos (GO: 0032553) y la unión de ARN (GO: 0003723). Además, seis meses de tratamiento GAHT produjo una disminución significativa en la metilación en ambas poblaciones trans. Los hombres trans mostraron variaciones en 95 islas CpG, de las cuales el 72,63% disminuyó el grado de metilación después del tratamiento. En cuanto a las mujeres trans, seis meses de GAHT modificaron la metilación en 78 islas CpG, de las cuales el 85,9% estaban hipometiladas tras el tratamiento. Por tanto, en ambas poblaciones trans, el tratamiento GAHT indujo una reducción significativa de la metilación.