Modulación de la especificidad peptídica por el polimorfismo de HLA-B39 implicaciones evolutivas y presentación de ligandos con modificaciones post-traduccionales

Resumen

Se determinó la especificidad peptídica de tres subtipos de HLA-B39: B3905 y B3909 (Amerindios) y B3910 (africano). La especificidad de HLA-B3905 se aproxima a la de B1509 y B3801, ausentes en Amerindios. La especificidad de B3909 se aproxima a la de HLA-B27, ausente en Sudamerindios. Sin embargo, la especificidad de B3910 es totalmente distinta a B3901 y se aproxima a la de HLA-B53, asociado a protección contra malaria. Los datos sugieren que la evolución de HLA-B39 está dirigida por antígeno. Se identificó un ligando N(alfa)-acetilado en el repertorio natural de HLA-B39 indicando que las moléculas de clase I clásicas pueden unir in vivo péptidos con el grupo NH2-terminal bloqueado, aspecto previamente descartado por consideraciones de estabilidad y estructurales. B3910 une naturalmente un dodecámero abundante con NG, NG-dimetil-Arginina en posición 6, posiblemente accesible para el reconocimiento por CTLs. Se destaca la relevancia de la espectrometría de masas de trampa iónica cuadrupolar en el análisis de repertorios peptídicos de MHC y en la caracterización de modificaciones post traduccionales y proteómica.